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全球疫情监测地图与传播风险研究(附全球数据下载)

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2020-04-23


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【本期看点】

针对此次新型冠状病毒(2019-nCoV)肺炎疫情,美国约翰霍普金斯大学(JOHNS HOPKINSUNIVERSITY)系统科学与工程中心的Lauren Gardner教授与世界卫生组织合作,制作了“新型冠状病毒(2019-nCoV)肺炎”的追踪地图网站。本文对该疫情追踪网站做了介绍,并介绍了Lauren Gardner教授团队做的传播风险研究,方便大众能通全球视野,实时关注疫情的发展。



本期投稿

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作者:小美


GIS爱好者



地图网站简介



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▲ 约翰霍普金斯大学关于肺炎疫情研究网站截图


约翰霍普金斯大学(JOHNS HOPKINSUNIVERSITY)作为全球医学、公共卫生领域的知名研究机构,长期进行社会与健康问题的跨学科研究,近年来持续追踪寨卡病毒、麻疹等。针对此次新型冠状病毒(2019-nCoV)肺炎疫情,其系统科学与工程中心的Lauren Gardner教授与世界卫生组织合作,制作了疫情追踪地图网站,用来实时监控全球范围内疫情的传播情况。为更多想要了解疫情进展的大众,提供有价值的、及时的参考信息!


该地图数据来自各种来源的最新、最权威的统计信息,包括:世界卫生组织(WHO),美国疾病预防控制中心(CDC),欧洲疾病预防控制中心(ECDC)、中国国家卫生健康委员会(NHC),以及丁香园(DXY)。


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▲ 疫情追踪地图网站截图


目前,截至2月6日下午5点,全球确诊的病例达到了28333例,国内病例28120例,包括中国大陆在内,全球受影响的国家和地区达28个。


网站地址:

https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6




提供全球疫情数据下载



该地图网站提供Google Sheets格式的全球疫情数据下载,可供相关人员研究使用,例如做疫情的扩散性分析、空间分析,结合交通数据还可做出行分析、传播风险分析,以及各类预警分析等。


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▲ 疫情追踪地图网站提供的实时数据


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疫情传播风险研究



约翰霍普金斯大学的Lauren Gardner教授根据最新疫情数据,领导团队做了进一步疫情传播风险研究,并根据各个国家和地区与中国大陆交流规模以及飞机航班等数据推测可能出现的确诊病例数量。


团队成员包括:约翰霍普金斯大学的Lauren Gardner,悉尼新南威尔士大学的 Aleksa Zlojutro和David Rey ,约翰霍普金斯大学的Ensheng Dong。


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▲ 约翰霍普金斯大学教授Lauren Gardner博士(图片来源:JHU)


研究所使用的疫情传播风险模型来自2019年2月发表在nature上论文《 Adecision-support framework to optimize border control for global outbreakmitigation》(疫情边界控制决策支持框架)。


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▲ 《疫情边界控制决策支持框架》论文截图


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研究团队基于发布的模型「疫情边界控制决策支持框架」做出新的分析,该模型将此次新型冠状病毒肺炎的疫情动态和疫情控制集成至决策支持工具中,以便于在疫情爆发前期通过边境控制从而减轻疫情进一步扩散。


团队采用随机集合种群流行病模拟工具模拟疫情动态,并且在建模过程中考虑边境防范机制(入境检查),其主要用于识别感染者或高危人群。




阶段性研究结论



约翰霍普金斯大学报告称,基于100例(此为29日当日数据)从中国输入到境外的病例运行模型认为,中国大陆新型冠状病毒肺炎病例的数量可能比1月份的报告数量高得多。具体来说,截至1月底,推测中国大陆累计可能有约58,000例新型冠状病毒肺炎病例(截至1月31日,已报告病例接近12,000例)。这种差异很可能是由确诊延误造成的。当然,大量的预估病例表明,多数病例可能是轻微的(或无症状的),不需要寻求医疗护理,因此没有被报告。

 

此外,根据这一推测,分析认为疫情始于11月,而在12月初,武汉已经出现了数百例感染病例。1月份估计的确诊病例见下图。


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▲ 全球报告病例与估计病例数量(图片来源:JHU)



此前,帝国理工学院在1月18日在中国大陆估算的4000例病例的报告,以及兰卡斯特大学在1月24日估计有12,700例。约翰霍普金斯大学报告指出,近期,在中国境外报告的病例有大量且迅速的增加,这种情况仍在发生,并且可能导致比本研究更高的估计数。

 

在风险最大的32个国家/地区中,泰国排在第一位。而与31日的疫情对比,预测与实际确诊病例发展趋势符合;但对于其中一些国家/地区,病例数值却是大幅低估,诸如新加坡、日本、澳大利亚、马来西亚等国现实输入病例都高于预测,尤其是日本,截至2月4日已经飙升至第一位,疫情扩散的速度比推测的还要快很多。


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▲ 风险最高的国家/地区列表(截至1月31日)

(图片来源:JHU)


以下是团队推测出的中国大陆风险排名前50的机场,以及中国大陆以外地区全球风险排名前50的机场。

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▲ 中国大陆地区新型冠状病毒感染风险最高的50个机场

(图片来源:JHU)1587635527774502.jpg




▲ 中国大陆以外新型冠状病毒感染风险最高的50个机场

(图片来源:JHU)




研究报告的几点说明



1.关于疫情传播仍存在不确定性。比如恢复期的持续时间暂时有待确定,该持续时间可能比此分析中指定的五天更长。由于潜伏期无症状个体的感染传播没有被报告。因此,未来几天在中国以外报道的病例数量可能会增加,尤其是在本分析中被确定为最高风险的城市。


2.该模型仅考虑旅客的航空旅行,不包括通过其他运输方式在城市内部和城市之间的流动性。因此,低估了通过其他出行方式连接的区域之间的分布风险。


3.该模型未考虑机场的旅客入境检查和1月23日在武汉实施的全面航空旅行禁令。因此,在模拟的最后几天中,研究可能高估了从武汉输出的病例数量。


4.该模型没有考虑到城市内部/地区的控制措施(交通管控,疫苗,学校关闭,检疫工作等)。所以,R0值(该研究估计R0值为2,即每一个确诊病例将感染2个其他人)可能在不同地点之间变化很大,并且比爆发开始时的水平要低。


5.该研究使用的是2015年旅行(机场到机场)数据。这是能获得的最新完整数据。


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